La data di erezione della cappella di Amay-Loto non è nota anche se dalle carte risulta già esistente nel 1614 epoca in cui era in ottimo stato con vari benefici e rendite economiche che le consentivano di garantire alla popolazione locale numerose funzioni religiose. 

L'edificio è stato certamente, pesantemente, rimaneggiato nella struttura nel corso degli anni. Si accerta infatti che nel 1774 dopo lavori –forse anche di ampliamento- l'edificio formato da una sola navata è stato ribenedetto. In quell'epoca –e fino al 1840- l'amministrazione economica della cappella era retta dalla municipalità e questo fatto fu anche causa di numerosi attriti tra la popolazione, la parrocchia e il Comune. Le parti in modo diverso rivendicavano infatti antichi diritti e benefici; nel 1876 un decreto vescovile soppresse la festa patronale fissata abitualmente il sette settembre per portarla alla domenica successiva. La popolazione di Amay non accettò tale imposizione e si ribellò non recandosi più a messa né ad Amay né nella chiesa del borgo raggiungendo invece Brusson per le funzioni religiose. 

Oltre a questa insolita protesta alla Chiesa non vennero più pagate le congrue e le sostanziose decime ad essa spettanti. 

Questo stato di cose rimase inalterato fino al 1890; nel frattempo i sacerdoti -su di un cavallo e con numeroso seguito come da antiche tradizioni- salirono sempre ad Amay per la celebrazione della festa patronale, ma i residenti per scoraggiarli presero a far rotolare sulla strada dei tronchi d'albero e dei massi per convincer i religiosi che la situazione non sarebbe migliorata fino al ristabilimento dell'antica data. Finalmente le cose ritornarono al loro posto e la gente riprese a frequentare le cappella di San Grato e la chiesa del borgo. 

All'interno dell'edificio era conservato un piccolo tesoro d'arte, consistente in varie statue, tra cui è obbligo ricordare un San Grato databile alla prima metà del '400 anche se sulla base una data recita l'anno 1628 che senza dubbio è riferita ad un restauro. 

Nel corso dei secoli i locali hanno sempre garantito lautamente il sostentamento economico della cappella che risulta essere sempre provvista di numerosi paramenti, e di oggetti vari necessari al culto, di grande pregio tanto da poter essere considerata più ricca di quella di Moron e delle altre presenti sul territorio. 

Notevole la documentazione esistente negli archivi relativa alle donazioni effettuate dai privati nel corso dei secoli a dimostrazione del fatto che a questa cappella e a San Grato la devozione era particolarmente intensa e sentita. Nel suo interno ancora oggi si può ammirare un grande e bellissimo altare baroccheggiante entro cui nei decenni passati erano numerose statue poi purtroppo rubate da mani ignote.